Na Fakultetu hrvatskih studija izvode se sveučilišni prijediplomski, diplomski, integrirani i doktorski studijski programi iz područja društvenih i humanističkih znanosti te iz interdisciplinarnoga područja znanosti, podijeljeni u skladu s Bolonjskim modelom: prijediplomski studiji traju tri godine (šest semestara), diplomski studiji traju dvije godine (četiri semestra), a integrirani studiji traju pet godina (deset semestara). Moguć je upis diplomskih studija i za studente koji su završili srodne prijediplomske studije na nekom drugom visokom učilištu (uz eventualno polaganje unaprijed propisanih razlikovnih ispita kao uvjeta upisa u završnu godinu studija). Na prijediplomskoj razini neki se studijski programi mogu studirati samo kao dvopredmetni (Demografija i hrvatsko iseljeništvo, te Filozofija i kultura), a neki kao dvopredmetni i jednopredmetni (komunikologija, kroatologija, povijest i sociologija), a Psihologija zbog svojih specifičnosti isključivo jednopredmetno. Na diplomskoj razini neki su studiji dvopredmetni (Filozofija, Hrvatski latinitet, Kroatologija, Povijest i sociologija), neki dvopredmetni i jednopredmetni (Kroatologija, Povijest i Sociologija), a neki za sada jednopredmetni (Psihologija i Komunikologija).