Na Fakultetu hrvatskih studija izvode se sveučilišni prijediplomski, diplomski, integrirani prijediplomski i diplomski i doktorski studijski programi iz područja društvenih i humanističkih znanosti te iz interdisciplinarnoga područja znanosti, podijeljeni u skladu s Bolonjskim modelom: prijediplomski studiji traju tri godine (šest semestara), diplomski studiji traju dvije godine (četiri semestra), a integrirani prijediplomski i diplomski studiji traju pet godina (deset semestara). Moguć je upis diplomskih studija i za studente koji su završili srodne prijediplomske studije na nekom drugom visokom učilištu (uz eventualno polaganje unaprijed propisanih razlikovnih ispita kao uvjeta upisa u završnu godinu studija). Na prijediplomskoj razini neki se studijski programi mogu studirati samo kao dvopredmetni (Demografija i hrvatsko iseljeništvo, Filozofija i kultura, Latinski jezik), a neki kao dvopredmetni i jednopredmetni (Komunikologija, Kroatologija, Povijest i Sociologija), a Psihologija zbog svojih specifičnosti isključivo jednopredmetno. Na diplomskoj razini neki su studiji dvopredmetni (Filozofija, Hrvatski latinitet, Kroatologija, Povijest i Sociologija), neki dvopredmetni i jednopredmetni (Kroatologija, Povijest i Sociologija), a neki za jednopredmetni (Psihologija i Komunikologija).