Tijela upravljanja Fakultetom hrvatskih studija Sveučilišta u Zagrebu jesu: dekan, dekanski kolegij, fakultetsko vijeće i druga tijela predviđena Statutom Sveučilišta, Statutom Fakulteta ili drugim općim aktom.
Dekanat je stručno-administrativna ustrojbena jedinica Fakulteta. Dekanat obavlja stručne, administrativne, arhivske, domarske, financijske, kadrovske, komunikacijske, knjigovodstvene, nabavne, organizacijske, pomoćne, pravne, programske, računalne, računovodstvene, referadne, statističke, tehničke, upravne i druge poslove. U njem su ustrojeni: Dekanov ured, Računalna služba, Služba za nabavu, Služba za nakladništvo, Služba za nastavu i studente, Služba za održavanje, Služba za pravne i kadrovske poslove, Služba za računovodstvo i financije i Služba za znanost i projekte.
Dekanat vodi voditelj Dekanata. On usklađuje i nadzire rad Dekanata, saziva i vodi kolegij administracije; odgovoran je za pravilan, učinkovit i ekonomičan rad stručnih službi.